На акредитоване студијске програме кандидати се уписују под условима и на начин утврђен законом и општим актом Факултета. Могу се уписати и школовати лица из грађанства и страни држављани. Страни држављани се школују у складу са међудржавним уговором и могу се уписати на одговарајући студијски програм у складу са Правилником о школовању странаца у Министарству одбране и Војсци Србије.
На прву годину интегрисаних академских студија медицине може се уписати лице које има одговарајуће средње образовање у четворогодишњем трајању, ако је здравствено способно за пријем у професионалну војну службу и на основу ранг-листе у оквиру броја кадета који Факултету за пријем одобри Министарство одбране. Под одговарајућим средњим образовањем сматрају се гимназија, средња медицинска школа и одговарајуће средње школе ветеринарског, фармацеутског и стоматолошког усмерења. Редослед кандидата за упис утврђује се на основу општег успеха постигнутог у средњем образовању, провери општих способности за војну службу и резултата постигнутог на пријемном испиту, а који се детаљније прецизирају у јавном конкурсу. Будући да кадети имају статус војних лица, у складу са Законом о Војсци Србије, на конкурс могу да се јаве само држављани Републике Србије. Из истих разлога се за кандидате пре пријемног испита организују прегледи ради оцене здравствене и физичке способности. Здравствени прегледи и психолошко тестирање су елиминационог карактера. Организацијом здравствених прегледа, који обухватају опште прегледе, прегледе одређених специјалиста и психолошка тестирања, пружена је могућност оним кандидатима који не задовољавају критеријуме за пријем у професионалну војску, да се пријаве на неки други факултет по избору. Након лекарског прегледа кандидати обављају проверу физичке способности која се организује на Војној академији према Правилнику за проверу физичке способности. Кандидати се рангирају на основу успеха постигнутог у сва четири разреда у средњој школи или гимназији и на пријемном испиту из предмета хемија и биологија. Као члан Заједнице медицинских факултета Србије, на Факултету се врши полагање пријемног испита истог дана у истом термину као и свим другим медицинским факултетима. Оно што чини разлику од других факултета јесте статус кадета и војно-стручна и војно-специјалистичка обука која се организује у време када се не изводи настава коју предвиђа акредитовани студијски програм.
Уписом на интегрисане академске студије лице стиче статус кадета, а уписом на студије II и III степена стиче статус студента. Лица која се школују за потребе Министарства одбране и Војске Србије, финансирају се средствима обезбеђеним за потребе образовања система одбране у оквиру обима средстава Министарства одбране опредељених Законом о буџету Републике Србије.